rsync

0. Hacer backup del directorio fuente y del directorio destino siempre :)
1. Crear una lista de todos los archivos del directorio de donde se copiaron los archivos con su ruta absoluta.
Se puede usar el comando

<code>
find /var/www/infoandina7/sites/default/files/ > lista_de_archivos.txt
</code>

Si bien Git soluciona con creces el control de versiones de todos los archivos php en el proceso de desarrollo siempre ha sido un tema pendiente y -un dolor de cabeza- la actualización de la carpeta 'files', la carpeta que contiene todos los archivos que se van almacenando.